Просто так включить какие-либо библиотеки из .Net Framework в инсталляцию не возможно, но есть такой инструмент как Xenocode Posbuild и в нем есть такая вещь как Virtualization, позволяющая интегрировать в состав программы .Net Framework, DirectX Runtime и др.
Если это то, что вам нужно, то
http://www.xenocode.com