Странная тема для диплома, подозрительная... Наверняка трояна пишешь?
В любом случае, тебе нужно писать серверную часть программы, которая будет висеть в памяти контролируемой машины. Плюс еще надо будет разработать клиентскую часть, которая будет стоять на твоей машине, и протокол взаимодействия между ними по TCP/IP. Сервер, должен поддерживать команды доступа к ФС и Реестру. И уметь отправлять файлы, клиенту...
Вобщем работа эта сложная, займет у тебя много времени, с учетом изучения предметной матчасти, создания протокола обмена, отладки, тестирования и т.д.