1) Для проверки писем на сервер посылается команда LIST. В результате выдаётся список типа:
1 120
2 1456
где 1 и 2 - порядковые номера сообщений, остальное - их размер.
Чтобы прочитать заголовок одного сообщения, выдаётся команда TOP, напрмиер:
TOP 1 10
Получить первые 10 строк сообщения №1
Подробнее о командах протокола POP см.
http://www.faqs.org/rfcs/rfc1725.html
2) Важность сообщения задаётся, насколько мне известно, в специальном поле сообщения (типа X-имяполя:). имени поля не знаю. Скорее всего, подтверждени задаётся тоже в каком-то поле.