Тоесть у тебя есть готовая схемка, которую кто-то сделал? Там я думаю тогда должен быть указан тип микроконтроллера. Или сам схему ваяешь?
Если с питанием нет проблем, то смотри по поддерживаемым коммандам. А то урезок возьмешь како-нибудь, потом пол года будешь думать че с этим делать
Что касается работы с флэшкой... для таких накопителей есть свои контроллеры, которые в некоторых (в общем-то в большинстве) случаях облегчают работу с ними.
Так же при выборе контроллера смотри насколько доступны для него программаторы. ОСОБЕННО если не хочется покупать (а они дорогие, и чем больше моделей поддерживают тем дороже, вплоть до штуки баксов) - далеко не факт, что даже в Москве найдется человек, у которого есть программатор для каких-то экзотических моделей.
Схемы бывают разные. Я например видел схемку мп3 плеера, читающего с SD карты. Микросхема контроллер, читающая mp3, через контроллер просто подключалась к карте. С FAT работала самостоятельно. Соответственно схемка была довольно таки простая, прошить контроллер можно было и вручную, так как прошивка довольно короткая (условно, мне было бы лень килобайт вгонять руками) и при желании и умении помещалась чуть ли не в спичечный коробок (без батареек). Другое дело управление межконтинентальными ракетами и спутниками
Образование роли не сыграет. Все можно понять самостоятельно. Но честно скажу, работать на столь низком уровне - оооочень тяжело. Тоесть понять чего надо сделать, чего получится - мозги просто закипают. Это уже не Hello World...
PS: сам я контроллеры не программировал, прошивкой их не занимался. Я прошивал лишь микросхемы ПЗУ с параллельным доступом. Делал это руками, так как прошить всего-лишь 100-200 байт было совершенно не влом. Кстати, тогда я учился еще в школе, наверное классе в девятом (я после девятого ушел), а может и вовсе в восьмом.
PPS: возможно для твоих целей уже есть готовые, прошитые еще на заводе контроллеры. Главное поискать. Велосипеды изобретать не стоит - сон потеряешь точно надолго с такими запарками.