Я тут задался тем же вопросом и выяснил вот что:
GUID и NativeGUID - суть одно и то же значение, разница только в порядке байт. Если внимательно на них посмотреть, то можно заметить что в первых трех блоках (отделяющихся обычно дефисом) у них байты идут в противоположном порядке. А в последних двух - в одинаковом порядке. В MSDN есть ремарка: When binding to an object in Active Directory, use the NativeGuid property. Зачем такая путаница - выяснить не удалось, известно только что эти "перестановки" производит .NET