У меня приложение заскиновано и когда аэро включено то граница окна у меня получается не прозрачная как у всех остальных окон, т.е. эта прозрачность зарисовывается скинами. Но есть возможность отключить прорисовку скинов на границе окна и тогда все будет в шоколаде. Саму аэро отключать не надо, выглядит симпатишно