Останутся до следующего запуска. Когда из БД будут выгружаться новые версии, то оставшиеся "недобитыми" dll перезапишуться...
А вообще конечно надо менять способ снхронизации на менее гемморойный
Сейчас этот форум просматривают: AhrefsBot и гости: 35