Вызывать соответствующие функции из coredll.dll (RegCreateKeyEx, RegEnumValue, ... - аналогия с ПК практически полная). Можно заняться самому и написать свой класс для работы с реестром, можно поискать готовые решения. Я видел только один вариант, на C# (
www.opennetcf.org - мощный SmartDeviceFramework с исходниками на C#; в том числе содержит класс для работы с реестром и много чего еще).