Набросал небольшую программку. Максимальный размер картинок 640х640. В принципе для анимаций без прозрачного фона, а также анимаций с ColorKey цветом прозрачности эта задача очень просто решается с помощью библиотеки GDI+, но у нее, как я выяснил при написании этой тестовой программы, есть недостаток - она не позволяет задать свойство восстановления фона анимации, по крайней мере в MSDN про это ни слова. Это проявляется в виде неприятного наложения кадров друг на друга, когда фон непрозрачен - это не заметно. Для предотвращения этого явления, я решил вручную находить нужные байты и править их "руками". В своем примере я также вычисляю оптимальную палитру с помощью октодерева, поэтому качество получаемых GIF-анимаций получается довольно-таки хорошим. Также имеется возможность настройки каждого кадра (длительность, порог прозрачности) и счетчика повторов. Для отключения прозрачности достаточно в поле Threshold выставить 0, чем выше значение в этом поле, тем больше полупрозрачных пикселей станут полностью прозрачными. Пример я хорошо прокомментировал , особенно в местах, где идет преобразование и сохранение.
ВНИМАНИЕ! На некоторых системах GDI+ возвращает ошибку (Win32Error) в функции GdipSaveAdd - там пример работать не будет.