Это не всегда возможно. Какой-нибудь умник проставит kmode перехват на функции работы с реестром и всё
. Но я так понимаю, что автор темы пишет не вирус, а программу, завершение которой в определённый этап работы крайне нежелательно, и в автозагрузку прописывать ничего не будет.